Der Ort wurde, wie aus seiner Siedlungsform hervorgeht, etwa um 1000 gegründet, seine erste urkundliche Nennung erfolgte um 1108. Aus den Traditionsbüchern des Stift Göttweig erfahren wir von dem Ministerialengeschlecht , welches sich nach Emichinbrunnin nannte und hier ein Festes Haus besaß. 1269 hören wir noch von Pertholdus de Enchenprunne, danach verliert sich die Spur dieses Geschlechts. In der Folge scheinen häufig nichtadelige Amtmänner von Göttweig in Engabrunn auf, es dürfte dieser Ort das Verwaltungszentrum des Stiftbesitzes in weiterem Umkreis gewesen sein. Wo der einstige Sitz (Festes Haus) von Engabrunn stand, lässt sich heute nicht mehr sagen. Der ehemalige Nagel´sche Freihof, Hauptstraße 11, wird heute als Pfarrhof verwendet und war einst ein Verwaltungssitz der in Engabrunn begüterten Herrschaft Grafenegg. Deren Oberbeamter Kaspar Nagel erhielt 1571/74 die Erlaubnis, diesen Hof zum Freihof zu machen, wodurch er von Abgaben und Diensten befreit wurde. Nach Nagels Tod kam der Hof wieder an die Herrschaft Grafenegg, und wechselte dann noch mehrmals seine Besitzer. 1620 zerstören ihn die kaiserlichen Truppen, doch dürften ihn seine Besitzer rasch wieder aufgebaut haben. 1638 erwarb ihn Propst Niklas von Dürnstein und der Hof diente in der Folge dem Stift Dürnstein als Lesehof mit Weinausschank. 1760 wurde er zum Pfarrhof umfunktioniert. Das Gebäude wurde 1886, 1928, 1950 und zuletzt 1973 renoviert.